zlib-flate プログラムは、 標準入力からのデータを読み込んで、 標準出力へデータを書き出します。 その際には、 生 (raw) の zlib 圧縮機能を利用して、 圧縮または伸長されたデータを書き出します。 これを利用すれば、 未加工の PDF ストリームや、 生の zlib 圧縮機能によって圧縮されたデータに対して、 伸長や圧縮処理を行うことができます。 このプログラムは、 主にデバッグツールとして提供されています。 ただし他の目的、 たとえば単純な PDF ファイルを生成するようなスクリプトから呼び出すような場合に用いることもできます。
このプログラムは、 一般的な圧縮目的で利用するツールではありません。 その場合は gzip(1) などを利用してください。
qpdf に関する詳細は qpdf マニュアルを参照してください。 これは https://qpdf.readthedocs.io にあります。